Кафедра деревянных духовых инструментов существует с 2000 года, с того момента, когда произошло разделение некогда единой кафедры на две – кафедру деревянных и кафедру медных духовых инструментов.
Изначально же кафедра существует со времени основания Государственного музыкально–педагогического института им.Гнесиных.
Елена Фабиановна Гнесина предложила Михаилу Иннокентьевичу Табакову (очень авторитетному в то время музыканту) создать кафедру духовых и ударных инструментов. М.И.Табаков был опытным организатором, с его помощью создавался оркестр С.Кусевицкого, а затем и Персимфанс. Он быстро подобрал группу преподавателей из числа солистов оркестра Большого театра.
В числе первых преподавателей были: Я.Ф.Шуберт – фагот, И.Ф.Пушечников – гобой, Г.Я.Мадатов – флейта, А.Л.Штарк – кларнет, С.И.Леонов – валторна, М.И.Табаков – труба (Н.Н.Яворский – ассистент), Б.П.Григорьев – тромбон, туба, В.П.Штейман – ударные инструменты.
Со временем педагогический состав кафедры расширялся, пришли более молодые исполнители: И.Е.Бутырский, И.П.Мозговенко, А.А.Рябинин, Т.А.Докшицер, К.М.Ладилов, М.К.Шапошникова, А.М.Найда.
В 1970-е годы впервые в России появился класс саксофона, который возглавила М.К.Шапошникова.
В 80-е годы на кафедре начали работать В.Н.Досадин, В.М.Прокопов, В.Б.Баташев, Н.Г.Филиппов, Б.В.Афанасьев, В.И.Пушкарев, Н.В.Мозговенко, Е.М.Непало, А.С.Любимов, А.А.Федотов, Ю.С.Рудометкин.
С 1985 по 1990 гг. на кафедру приходят такие преподаватели, как В.И.Пушечников, В.И.Дегтярева, Л.В.Кондаков, В.Л.Кудря, А.Л.Гофман.
Таким образом, М.И.Табаков является основателем и первым заведующим кафедры духовых и ударных инструментов в ГМПИ им.Гнесиных.
Затем кафедру возглавлял А.Л.Штарк, после него, какое-то время Б.П.Григорьев, а с 1959 по 2003 год бессменным руководителем был И.Ф.Пушечников, который очень много сделал для развития кафедры, вплоть до выделения в 2000 году кафедры деревянных духовых инструментов в самостоятельное подразделение. Также И.Ф.Пушечниковым было выпущено большое количество научно-методической литературы.
С 2003 года кафедру деревянных духовых инструментов возглавляет доктор искусствоведения, профессор Р.А.Маслов. И снова на кафедру пришло новое поколение педагогов: В.В.Вальс, И.Ф.Оленчик, В.Н.Пермяков.
За время существования кафедры было выпущено огромное количество инструменталистов, которые составили славу и гордость советского и российского музыкального исполнительства.
Среди них 8 народных артистов РФ, 1 заслуженный деятель искусств РФ и 7 заслуженных артистов РФ.
Среди выпускников – 150 лауреатов различных исполнительских конкурсов.
Воспитанники кафедры работают в лучших оркестрах нашей страны и за рубежом; многие из них преподают в колледжах, вузах, имеют ученые звания доцентов и профессоров.
В настоящее время на кафедре работают: 10 профессоров, 1 доцент, 2 преподавателя, в том числе 3 Народных артиста РФ, 4 Заслуженных артиста РФ. Педагоги кафедры постоянно участвуют в проведении мастер-классов как у нас в стране, так и за рубежом, выступают на научно-практических конференциях, семинарах, ведут курсы повышения квалификации. Многие являются председателями и членами жюри различных конкурсов, а также председателями ГАК в колледжах и вузах, постоянно оказывая методическую помощь музыкальным учебным заведениям.
В настоящее время кафедрой руководит профессор В.И.Дегтярева.