Началом долгой истории создания и становления большого комплекса учебных заведений имени Гнесиных является 15 февраля 1895 года — именно в этот день первая ученица пришла в «Музыкальное училище Е. и М. Гнесиных», одно из маленьких частных музыкальных учебных заведений, активно открывавшихся в тот период в Москве. С той поры этот день отмечается как традиционный праздник гнесинцев — воспитанников учебных заведений всех поколений. Как и другие частные школы, эта школа была основана выпускницами Московской консерватории: две ее руководительницы — сестры Евгения и Елена Гнесины были ученицами директора консерватории, крупнейшего организатора и педагога-пианиста В. И. Сафонова. Принципы обучения, сформированные в тот период в консерватории, легли в основу работы училища (в тот период это было единое учебное заведение для детей и взрослых, без привычного ныне разделения на училище и школу).
Популярность школы и ее авторитет быстро росли. Пять сестер Гнесиных, бывших энтузиастами своего дела, посвятивших всю жизнь музыкальной педагогике, всю жизнь прожили в том же доме, где размещалось их детище, и атмосфера гостеприимного дома неизменно привлекала и учеников, и коллег. Учившиеся в самый блистательный период истории консерватории, жившие в окружении деятелей искусства Серебряного века, они неизменно стремились к тому высшему профессиональному уровню, который соответствовал бы критериям их учителей и друзей — самых выдающихся музыкантов своей эпохи. Крупнейшие музыканты с большим вниманием относились к работе училища Гнесиных, оказывая им большую поддержку, а некоторые из них — Р. М. Глиэр, А. Т. Гречанинов, Е. А. Бекман-Щербина — сами стали педагогами молодого учебного заведения. Уже в дореволюционный период школа Гнесиных завоевала самую высокую репутацию и выделилась целым рядом важных педагогических начинаний, самым знаменитым из которых стало создание первого в Москве детского школьного хора.
Елена Фабиановна Гнесина, будучи основателем и бессменным главой учебных заведений (в общей сложности она возглавляла их 72 года!), благодаря своей непреклонной воле, неиссякаемой энергии и самоотверженности, сумела сохранить и постоянно расширять масштабы учебных заведений на самых крутых поворотах истории. В 1919 г. школа стала государственной, не изменив, однако, принципов своей работы и организации (в 1920 г., в соответствии с государственной программой, произошло разделение учебного заведения на детскую школу и техникум с единым руководством). В 1923 г. брат Гнесиных — ученик Римского-Корсакова, выдающийся композитор Михаил Гнесин — создал отдел композиции и теории музыки. Рост количества и уровня учащихся скоро сделал Гнесинское училище-техникум одним из лучших во всесоюзном масштабе средних учебных заведений, готовящих и лучшие кадры для консерватории. Это привело к решению создать новый музыкальный вуз, и Ел. Ф. Гнесина, несмотря на возникшее вначале сопротивление (вызванное нежеланием открывать второй музыкальный вуз в Москве), самым решительным образом стала добиваться воплощения этой идеи.
В марте 1944 г. было принято постановление правительства об организации Государственного музыкально-педагогического института имени Гнесиных. В 1946 г. при институте была открыта специальная музыкальная школа-десятилетка, и сложился комплекс из четырех учебных заведений — институт, училище, спецшкола и детская школа-семилетка — возглавляемый по-прежнему Ел. Ф. Гнесиной. Потребность в широком обеспечении страны прежде всего педагогическими музыкальными кадрами вызвала к жизни многочисленные начинания, явившиеся очень перспективными: были разработаны и активно развивались заочная и вечерняя формы обучения (открыты в 1948 г.), одновременно создавались многочисленные учебные пособия (в том числе звуковые) и методические программы, изобретались различные технические средства обучения. По сравнению с консерваториями в ГМПИ имени Гнесиных более глубокими стали учебные курсы педагогической практики и методики обучения. Число студентов института неуклонно растет, вуз быстро завоевывает авторитет одного из крупнейших музыкально-образовательных центров страны, наряду с Московской и Ленинградской (Петербургской) консерваториями. Если в первые годы работавшие вместе с корифеями молодые педагоги были в основном выпускниками консерватории, то в дальнейшем, особенно с 1960-х годов, пополнение большей частью приходило из воспитанников самого вуза.
Первоначально в вузе было четыре факультета: фортепианный, оркестровый, вокальный и историко-теоретико-композиторский — в их составе работало восемь кафедр. В 1946 г. известный хормейстер К. Б. Птица организовал и возглавил дирижерско-хоровой факультет, а еще через два года был основан факультет народных инструментов (его первый руководитель — А. С. Илюхин). В 1950-х годах созданы кафедры оперной подготовки (первый заведующий — дирижер Е. А. Акулов) и камерного ансамбля (ее первый заведующий — пианист А. Д. Готлиб), в 1960-х — целый ряд новых кафедр, в том числе оркестрового дирижирования (основатель — С. З. Трубачев), педагогики и методики. В 1966 г. на дирижерско-хоровом факультете — опять же впервые — открыто отделение дирижеров народного хора (где тоже был сформирован хоровой студенческий коллектив). В 1970-х — 1980-х годах продолжались новации по открытию новых музыкальных специальностей: это созданные отделения сольного народного пения (инициатором его создания, в 1978 г., выступила руководитель Северного русского хора Н. К. Мешко), а в 1985 г. возникла и кафедра хорового и сольного народного пения, музыкального искусства эстрады (1984, первый заведующий кафедрой — Е. В. Овчинников), звукорежиссуры (1987, основатель — П. К. Кондрашин). Постоянный рост количества студентов и специальностей приводил как к разделению по более узким специализациям больших кафедр, так и к возникновению новых, связанных с открытием новых специализаций для студентов. Эта тенденция началась еще в 1960-х годах и продолжилась в XXI веке.
Постоянной была и остается консультативная помощь многочисленным учебным заведениям страны, курирование работы целого ряда музыкальных училищ, проведение семинаров и курсов факультета повышения квалификации — все это сделало к рубежу 1980-х — 1990-х годов ГМПИ имени Гнесиных крупнейшим музыкально-образовательным центром в России. Поэтому вполне оправданным явилось преобразование института в 1992 г. в Российскую академию музыки имени Гнесиных — впервые в стране музыкальный вуз получил подобный статус.
После установки в Академии нескольких органов в 1998 г. был открыт прием органистов (с 2009 г. действует и кафедра органа и клавесина под руководством А. В. Фисейского). В новом столетии процесс открытия новых факультетов и кафедр интенсифицировался: возникает продюсерский факультет (вначале отделение менеджмента, инициатор — Д. К. Кирнарская), затем — фольклорный факультет (в 2012 г.). Все специальности дирижеров в 2012 г. были объединены на дирижерском факультете, при этом возникают новые кафедры: оперно-симфонического дирижирования, национальных инструментов России (первая заведующая — Л. Я. Жук). Новые кафедры были открыты и на историко-теоретико-композиторском факультете: это кафедры музыкальной педагогики и прикладного музыкознания, что было связано с появлением целого ряда новых специальностей.
С самого начала существования института активно создавались научные труды, а с 1959 г. работал редакционно-издательский отдел, выпустивший более 500 печатных изданий. Действовали и учебно-научные лаборатории: народной музыки (основатель — В. И. Харьков, 1958 г., преобразована в 1993 г. в проблемную научно-исследовательскую лабораторию по изучению традиционных музыкальных культур), физиологии фонации (руководители — Л. Б. Дмитриев и В. Л. Чаплин, 1962 г.), музыкально-технических средств обучения (основатель — П. В. Лобанов, 1968 г.). В открытой в 1948 г. аспирантуре быстро росло число аспирантов, защищались диссертации (с 1970 г. по исполнительским специальностям действует ассистентура-стажировка). В организации научной работы в вузе большая заслуга принадлежит первым проректорам по научной работе А. А. Иконникову (1959-70 г.) и Ф. Г. Арзаманову (1975-85 г.).
По учебному плану ГМПИ имени Гнесиных были разработаны программы нескольких новых музыкальных вузов. В 1961 г. в Уфе был открыт филиал (учебно-консультативный пункт при заочном отделении) института, где работали его педагоги и воспитанники (в 1968 г. на его базе был создан самостоятельный институт искусств). В работе заочного отделения, как и в организации филиала, большую роль сыграл первый проректор по заочному и вечернему обучению В. И. Авратинер. С 2002 по 2015 год функционировал филиал Академии в Ханты-Мансийске.
Институт имени Гнесиных начал свою работу в тех же домиках на Собачьей площадке, где в течение почти полувека размещались Училище и Школа им. Гнесиных (они были снесены при постройке Нового Арбата). С 1937 г. началось строительство большого здания на Поварской улице (тогда Воровского) для Гнесинского «музыкального комбината». Прерванное войной, оно возобновилось в конце 1943 г. Основная часть здания была построена в сентябре 1946 г., став первым зданием, выстроенным в центре Москвы специально для вуза. В 1950 г. учебный корпус был расширен (в 2012 г. надстроен еще один этаж), а в 1958 г. построен Концертный зал. В дальнейшем две Гнесинские школы получили собственные здания, а для училища в 1974 г. было выстроено новое здание рядом с институтом. Получив в распоряжение все здание на Поварской, в 1989 г. институт открыл также классы и камерный зал — «Музыкальную гостиную» — в отремонтированном соседнем «Доме Шуваловой» (или «Доме Охотникова» — памятнике архитектуры XIX века, переданным в ведение ГМПИ имени Гнесиных в 1951 году).
Обучение по многим специальностям музыкантов впервые в нашей стране появилось именно в Гнесинских учебных заведениях. В 1932 г. впервые открыт класс детского сочинения в Детской школе-семилетке. Вскоре в Училище открыто отделение музыкальных работников радиовещания (работало до 1939 г.). В 1948 г. — создан факультет народных инструментов в ГМПИ имени Гнесиных с обучением на баяне, балалайке, домре и дирижированию оркестром народных инструментов. В 1961 г. в училище появилось отделение музыкальной комедии, позже называлось «артистов музыкального театра» (работало до 2000 г.). В 1966 г. — отделение дирижеров народного хора. В 1973 г. — класс саксофона в институте и эстрадно-джазовое отделение в училище (с 1994 г. стало самостоятельным училищем). В 1973-1977 гг. в училище также было обучение по специальности «Артист кукольного театра», а в 1978-1983 — «Артист цыганского театра». В 1978 г. в вузе создано «Экспериментальное отделение сольного народного пения» (ныне — сольного народного пения в составе фольклорного факультета). С 1980 г. работает класс гитары. В 1984 г. открыто отделение музыкального искусства эстрады в институте (специализации — инструментальное джазовое исполнительство и эстрадное пение), с 2008 г. — факультет. С 1986 г. появилось обучение на гуслях. В 1987 г. создано отделение музыкальной звукорежиссуры. С 1998 г. ведется обучение на органе как основной специальности (без совмещения с другими). Отделение музыкального менеджмента создано в 2000 г., в 2005 г. преобразовано в продюсерский факультет. В 2012 г. открыты специализации «Музыкальная журналистика», «Этномузыкология» на отделении музыковедения.
Бессменным руководителем института до конца жизни была заслуженный деятель искусств РСФСР, профессор Елена Фабиановна Гнесина (в 1944-53 г. она занимала пост директора, а в 1953-67 — художественного руководителя, в 1944-58 также заведовала кафедрой специального фортепиано). Являясь живым олицетворением великих музыкальных традиций, она сумела сплотить вокруг себя музыкантов нескольких поколений. В организации строительства, формировании структур и форм обучения ближайшим помощником Ел. Ф. Гнесиной был ее ученик, дирижер, профессор кафедры оперной подготовки, заслуженный деятель искусств РСФСР Ю. В. Муромцев, вначале бывший ее заместителем, а в 1953-70 г. — ректором института. В 1971-79 г. ректор — известный хормейстер, народный артист СССР, профессор В. Н. Минин. В 1979-99 г. происходило существенное расширение деятельности вуза, открытие многих новых отделов, обеспечивших в итоге переход к статусу академии. В эти годы (с небольшим перерывом) во главе руководства стоял народный артист РФ, профессор С. М. Колобков — выпускник первого выпуска факультета народных инструментов (он возглавлял также и кафедры народных инструментов и оркестрового дирижирования, оркестровые коллективы, был проректором по учебной работе в 1973-79 г.). В 1981-84 г. ректором Института-Академии был скрипач, участник Квартета им. Бородина, народный артист РСФСР, лауреат Государственной премии РСФСР, профессор Я. П. Александров, в 2000-08 г. — пианист, заслуженный деятель искусств РФ, профессор М. Н. Саямов. В 2008-2019 г. вуз возглавляла Г. В. Маяровская — заслуженный деятель искусств РФ, профессор, кандидат педагогических наук, с 2019 года ректором является А. С. Рыжинский — Лауреат премии Правительства РФ, Почетный работник сферы образования РФ, доктор искусствоведения, профессор.
В течение всей истории вуза здесь преподавали легендарные музыканты. Среди многих выдающихся педагогов прошлого:
Еще в 1947 г. был создан Академический хор студентов на дирижерско-хоровом факультете (первые руководители — С. И. Лаппо, А. Б. Хазанов, в дальнейшем среди руководителей хора были А. В. Рыбнов, А. А. Юрлов, В. О. Семенюк). В 1948 г. основан и Симфонический оркестр (особо плодотворные годы его работы связаны с руководством О. М. Агаркова и Т. К. Мынбаева). В 1949 г. началась деятельность Оркестра русских народных инструментов (в настоящее время называется «Душа России», первый руководитель — П. И. Алексеев, долгое время им руководил С. М. Колобков) и Академического хора заочного отделения (первый хормейстер — Н. В. Шварц), а в 1952 г. — оркестра баянистов и аккордеонистов (ныне называется «Ad libitum»). В 1959 г. Г. С. Талаляном и А. Д. Готлибом создан Камерный оркестр, который стал первым самостоятельным коллективом, гастролировавшим по плану Союзконцерта (в 2000 г. его деятельность возобновлена Т. К. Мынбаевым). В 1970-е годы целый ряд известных ныне хоров, оркестров, ансамблей вышло из студенческих коллективов: среди них и Московский государственный академический камерный хор под управлением В. Минина, Фольклорный ансамбль под руководством Д. Покровского. Из хора мальчиков, организованного В. А. Судаковым при Институте в 1958 г., позднее сформировалась капелла, ныне являющаяся Московской концертной капеллой им. В. А. Судакова.
С самого начала существования института постоянно давались полные оперные спектакли силами студентов, готовившихся в оперном классе. Особый масштаб эта работа приобрела после открытия Концертного зала в 1958 г. В 1976 г. по инициативе Ю. А. Сперанского спектакли стали даваться регулярно, по принципу театра-студии. В 1978 г. официально была создана Оперная студия, ныне являющаяся Оперным театром-студией им. Ю. А. Сперанского, за годы своей работы выпустившим около 30 премьер.
Созданные новые отделения создавали свои коллективы: так возникли Народный хор, многочисленные фольклорные коллективы (ансамбли «Золотица», «Купина» и другие, пользующиеся большой любовью слушателей), джазовые ансамбли, в том числе джазовый оркестр «Академик-бенд» (руководитель А. О. Кролл). В 1980-е годы появились и новые большие оркестры: духовой оркестр и Русский концертный оркестр (руководитель Б. С. Ворон 1985-2020, ныне — под названием «Академия»), в 2000-е — ряд камерных коллективов и ансамблей. Почти все многочисленные коллективы Академии в настоящее время часто выступают на разных концертных площадках Москвы, других городов и выезжают за рубеж.